研究中心森林生态与林业生态工程研究中心前身是1954年建所时设立的林业室。本中心以森林和草地生态系统为主要研究对象，研究生态系统生物多样性与生产力的维持机制，阐释生态系统尺度碳、氮、水循环及其耦合机制，揭示土壤-植被-大气连续体中水分与营养物质传输过程及动力学机制，为生态系统服务功能提升与科学经营提供理论与技术支撑。中心现有学科组15个，职工65人，其中研究员30人，国家杰出青年基金获得者1人，优秀青年基金获得者5人。
土壤生态与农业生态工程研究中心的前身是1954年设立的土壤室和1955年设立的农化室。本中心面向我国现代农业发展和土地保护的重大科技需求，以东北农田生态系统和草地生态系统等为主要研究对象，重点开展黑土地保护技术与原理、土壤养分循环过程及调控机制、土壤供肥与作物吸肥规律的生物学机制、新型绿色肥料研发技术、生态系统结构与功能维持机理、多营养级生物多样性及互作关系等方面的研究工作。中心现有学科组15个，职工100余人，其中研究员28人、国家级人才计划获得者6人。
污染生态与生态环境工程中心前身是1981成立的污染生态学研究室，是我国最早开展土壤-植物系统污染生态学研究的单位。本中心主要面向陆地生态系统与区域可持续发展，围绕国际环境科学前沿问题以及国家战略需求，重点研究污染生态过程、环境毒理学、生态修复与污染治理等领域的基础理论与技术方法，并在有毒有害污染物的生态过程及毒理效应、污染土壤修复与污染场地治理、水体污染控制与水质改善、固体废弃物处理与资源化利用等领域取得了若干创新性成果。现有9个研究组、38名科研人员，其中研究员14人，国家杰出青年基金获得者1人。
